Part II (Naruto Shippuuden)

 
Naruto Uzumaki

Setelah hampir 3 tahun, Naruto kembali ke Konoha dengan penampilan yang baru. Dia bertemu dengan para penduduk konoha yang sudah lama tidak ditemuinya. Kakashi lalu menemui Naruto dan Sakura untuk mengetes mereka, dan berakhir dengan kemenangan Naruto dan Sakura. Setelah tim kembali dibentuk mereka langsung mendapatkan misi mengejutkan, menyelamatkan Gaara dari tangan organisasi misterius bernama Akatsuki.

Penyelamatan Gaara

Tim Kakashi yang mendapat misi penyelamatan Gaara langsung berangkat menuju Sunagakure. Mereka berangkat terburu-buru dan bertemu Temari yang langsung ikut bersama mereka. Setelah sampai di Suna, mereka mendapati Kankuro terkena racun mematikan oleh Sasori. Para ninja medis sudah menyerah kepada kondisi Kankuro mendapat berkah ketika tim Kakashi datang dan Sakura berhasil mentralisir racun yang ada di dalam tubuh Kankuro. Mereka lalu mencari keberadaan Akatsuki ditemani oleh nenek Chiyo. Ditengah-tengah perjalanan mereka dicegat oleh Itachi Uchiha. Pertarungan pun tidak bisa dihindarkan. Setelah mereka berhasil mengatasinya, akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Akatsuki dan menerobos masuk. Tubuh Gaara yang sudah mati dibawa kabur oleh Deidara, salah satu anggota Akatsuki.[1][2]

Naruto dan Kakashi mengejar Deidara, sementara Chiyo dan Sakura menghadapi Sasori.Sasori berhasil dikalahkan oleh Nenak Chiyo dan Sakura.Dia mati dengan cara ditusuk jantungnya oleh pedang yang di tusukkan oleh ke-2 orang tuanya(boneka).Naruto dan Kakashi lalu mengejar Deidara yang menaiki burung tanah liat membawa Gaara. Kakashi akhirnya berhasil memojokkan Deidara dengan menggunakan Mangekyou Sharingan miliknya.[3] Naruto dengan segera menghajar Deidara habis-habisan, tetapi dia berhasil lolos. Tim Guy yang akhirnya bisa menyusul berhasil memojokkan deidara untuk kedua kalinya. Deidara yang kehabisan akal lalu meledakkan dirinya, yang ternyata klon tanah liat dan melarikan diri.[4] Gaara yang sudah tidak terselamatkan, dihidupkan kembali oleh nenek Chiyo, dengan ganti nyawanya sendiri. Dan setelah Gaara hidup kembali semua ninja Sunapun datang untuk menyusul Naruto, Kakashi, dan Sakura.[5]
Konfrontasi Akatsuki

Setelah Naruto kembali dari persembunyian Orochimaru, dia menemui Kakashi di rumah sakit. Dia lalu diberi tahu bahwa dia bisa menjadi ninja yang amat kuat dengan metode latihan yang diberikan Kakashi.[20] Dilain pihak, dua orang Akatsuki bernama Hidan dan Kakuzu menyerang kuil api desa Konoha dan menghabisi hampir semua pendeta disana. Naruto yang tidak tahu-menahu hal tersebut meneruskan latihannya. Pertama-tama dia harus bisa memotong daun menggunakan chakra miliknya. Setelah berhasil, dia lalu diberi ujian memotong air terjun yang dibuat oleh Yamato. Tidak berapa lama, dia mendengar berita kematian Asuma dan bertekad menjadi lebih kuat lagi dan menyelesaikan latihannya.

Naruto lalu memasuki tahap akhir latihan, memasukkan chakra angin miliknya kedalam rasengan. Awalnya dia kesulitan memasukkannya. Dia lalu menggunakan kagebunshin untuk membantunya memasukkan chakra miliknya. Setelah berhasil, dia lalu berangkat membantu tim Kakashi, Shikamaru, Chouji dan Ino menghadapi Hidan dan Kakuzu. Pertama-tama Naruto kesulitan mengenai musuhnya dengan rasenshuriken, jurus barunya karena putarannya yang melemah sebelum sampai ke musuh.[21] Setelah tubuh asli naruto ikut dalam jebakan,akhirnya dia berhasil mengenai Kakuzu dan membuatnya terkapar. Kakuzu akhirnya dihabisi oleh Kakashi. Kakashi mengatakan kalau Naruto benar-benar melampauinya dan penyebab tekadnya ialah keinginannya untuk menjadi lebih kuat dari Sasuke dan mengembalikannya ke Konoha.[22]

Setelah mengetahui tujuan Sasuke yang sebenarnya, Naruto bertekad untuk menemui Itachi, berharap bertemu kembali dengan Sasuke kembali.

Saat ini, Naruto dalam misi mencari Sasuke dan mengembalikannya lagi, tanpa disangka, salah satu klon bayangan yang dilepaskan oleh Naruto berhasil menemukannya, tetapi segera dihancurkan oleh Chidori Sasuke. Naruto yang akhirnya menemukan teman lamanya, bergegas menuju kesana, tetapi dihadang oleh Tobi. Naruto segera menyerang Tobi dengan Rasengan, tetapi yang diserang sepertinya tidak terpengaruh sama sekali.[23]